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博物馆坐落于长春市净月国家高新技术产业开发区，长春中医药大学校园内，是直属于长春中医药大学的中医药类综合展馆，前身为始建于1963年的医史陈列馆和始建于1959年的中药标本室。2009年学校机构改革时整合为长春中医药大学博物馆，2011年12月经吉林省文化厅批准正式命名为吉林省中医药博物馆。2013年9月，博物馆新馆正式建成开馆。
吉林省中医药博物馆现为吉林省科技厅认定省级科普基地，吉林省科协命名为第四批科普教育基地，中国科协命名为全国科普教育基地，是中国博物馆协会会员单位，是学校特色鲜明、体系完备、馆藏内容丰富、教育功能突出的阵地，成为学校颇具专业特色的文化场所和对外品牌，在面向学生开展专业教学、面向大众普及中医药知识、弘扬我国传统文化方面发挥积极作用。
博物馆占地面积12000平方米，建筑面积7250平方米，展示面积3860平方米，设校史馆和六个展厅，即北药展厅、动物药展厅、人参展厅、中医体验展厅、中医药通史展厅和地方医药特色展厅，收藏并展示中医药文物2135件，中药标本近万份。主要展示关于中医药文化的历史人物、掌故、事迹、资料、文献、图片、模型，长白山北药基地独特的中药资源，以及有地域特色的东北满、蒙、朝等少数民族医药文化。是医药文化与现代科技的完美结合，集教育、收藏、展览、科研、文化交流于一体的中医药博物馆。
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