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博物馆原名“上海水产大学中国鱼文化博物馆”，下辖鲸馆和水生生物科技馆、校史馆和三史馆，是专业从事收集、研究、展示海洋生物及其文化的博物馆，2008年由上海市文物管理委员会批准命名为“上海海洋大学博物馆”。其前身为著名鱼类学家朱元鼎1952年所建鱼类标本室。鲸馆于2002年建成并对外开放，建筑面积为1036 M2，展厅面积为900 M2；水生生物科技馆于2002年建成，2008年学校搬迁时拆除，2012年又在临港建成并开放，建筑面积为500M2，展示面积为300 M2；校史馆2010年建成，建筑面积为400M2，展示面积为300 M2；三史馆建筑面积为400M2，展示面积为300 M2。本馆馆藏标本4万号，展出水生生物标本1000余件，有“海洋生物探秘”等3个基本展示。展品有一条体长18.4米长的抹香鲸外形标本及其骨骼标本，有“海中大熊猫”之称的中华白海豚标本，有活化石之称的鹦鹉螺、翁戎螺标本，以及数百件绚丽多姿的贝类标本和造型别致的鱼文化展品。
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